对于功能性消化不良的诊断，首先应排除器质性消化不良。除了仔细询问病史及全面体检外，应进行相应的辅助检查及实验室检查。多数根据第一线检查即可基本确定功能性消化不良的诊断。此外，许多原因不明的腹痛、恶心、呕吐患者往往经胃肠道压力检查找到了病因，这些检查也逐渐开始应用于儿科病人。