痉挛肠段短、便秘症状轻者，可先采用综合性非手术疗法，包括定时用等渗盐水洗肠（灌洗出入量要求相等，忌用高渗、低渗盐水或肥皂水），扩肛、甘油栓、缓泻药，并可用针灸或中药治疗，避免粪便在结肠内淤积。若以上方法治疗无效，虽为短段巨结肠亦应手术治疗。

患先天性巨结肠症，如经灌肠能够排便，可继续下去。手术的条件是为了能够自然排便，不致有失禁，使男性保持良好的性功能。从前动手术常引起大小便失禁以及不能射精。
做手术的时期以在8个月后为好。
先天性巨结肠症的病情是多种多样的，重者即使手术，其后患肠炎死亡的也不少。
灌肠时，要用大量生理盐水（微温的）。取一啤酒瓶温开水，加入一勺半（小婴儿用的小勺）生理食盐，就基本接近于生理食盐水的浓度（9克食盐溶于1000毫升蒸馏水中）。用普通水灌肠会引起休克。