首先雷公藤能对生殖系统起严重影响，尤其是年轻女性，正处于生长发育期，生殖器官尚未发育成熟，雷公藤可严重损害生殖系统功能，抑制雌激素和孕激素的分泌，引起月经紊乱，甚至闭经。同时雷公藤可以使男性精子生成受阻，影响精子发育，导致不育，故未生育的患者应慎用。
另外，雷公藤还可对婴儿产生一定影响。在哺乳期的妇女，雷公藤能通过乳汁影响婴儿，此阶段应禁止使用。
除此之外，雷公藤的副作用还有刺激胃粘膜引起恶心，呕吐，腹痛，腹泻等胃肠道不良反应，可使肝损害，血中ALT升高，抑制骨髓造血，使白细胞，血小板减少，使机体易发生感染，严重时可诱发再生障碍性贫血，还可出现心律失常，心电图改变等。约有40%患者服用雷公藤后可有皮肤色素改善，皮疹、疱疹、口腔溃疡等皮肤粘膜反应，停药后可逐渐缓解。
服用雷公藤应注意哪些问题？
考虑到雷公藤的副作用，建议广大患者在应用时应小心，除在服药期间要定期查血尿常规，肝肾功能，随时调整用药外，还应该配合其他用药治疗。目前经过临床观察发现，微化中药在治疗肾脏疾病方面有很大的作用，不仅可以缓解患者的高血压等症状，还能起到标本兼治的作用，可有效恢复受损肾脏功能，阻止肾脏继续硬化、纤维化。