引起月经不调的原因有两大类：
1、神经内分泌功能失调引起：主要是下后脑－－生茶杯 －卵巢轴的功能不稳定或是有缺陷，即月经病。
2、器质病变或药物等引起：包括生殖器官局部的炎症、肿瘤及发育异常、营养不良；颅内疾患；其他内分泌功能失调如甲状腺、肾上腺皮持功能异常、糖尿病、席汉氏病等；肝脏疾患；血液疾患等。使用治疗精神病的药物；内分泌制剂或采取宫内节育器避孕者均可能发生月经不调。某些职业如长跑运动员容易出现闭经。此外，某些妊娠期异常出血也往往被误认为是月经不调。
临床上诊断神经内分泌功能失调性的月经病，必须要排除上述的各种器质性原因。